うちのサーバはデータベース(statusesテーブル、トゥートの内容が入っているテーブル)が壊れてて、テーブル内のデータを全部参照することができなくなっているので、このテーブルにインデックスを作ろうとするとエラーになります。
で、v3.0.0rc1への更新でも、statusesテーブルのインデックスを作ったりするので、そこでエラーで止まるわけですが、インデックスを作る処理を飛ばして対処しました。
つまり、問題の先送りで何の解決もしていません。いつMastodonが動かなくなってしまうやら…